Para a conservação da UC a FJPO também atua na área de Proteção, que envolve ações estratégicas na fiscalização e prevenção e combate a incêndios florestais, entre outras. Em 2018, foi instituída pela FJPO uma Brigada, Resolução FJPO Nº 04/2018, composta por um grupo especializado que desenvolve todos os procedimentos durante uma ocorrência de incêndio, sendo sua atuação imprescindível para a conservação da ARIE Mata de Santa Genebra.
