A ARIE Mata de Santa Genebra é um fragmento florestal relativamente pequeno, mas apesar do seu tamanho reduzido é um importante refúgio para a fauna nativa da região. Foram identificadas até o momento 329 espécies de vertebrados, sendo 17 anfíbios, 38 répteis, 220 aves, 51 mamíferos e 3 peixes. Quanto aos invertebrados, não existem estudos, exceto para borboletas, das quais foram identificadas mais de 700 espécies.
Dentre as espécies identificadas na unidade, destacam-se a onça-parda (Puma concolor), para a qual foram registradas desde 2013 3 ninhadas, com um total de 4 filhotes, a Jaguatirica (Leopardus pardalis), o gato-do-mato-pequeno (Leopardus guttulus), e o bugio-ruivo (Allouata guariba clamitans), estando todos estes na lista vermelha da fauna ameaçada do estado de São Paulo.
A FJPO realiza o monitoramento da fauna através de métodos diretos de observação e indiretos, como armadilhas fotográficas, pegadas e fezes. Isso permite acompanhar o fluxo dos animais na UC e as variações sazonais que ocorrem.
Uma das características marcantes da ARIE MSG é que se encontra em uma transição do meio urbano com o rural, o que faz com que animais silvestres explorem os arredores da mata e acabem tendo contato com os seres humanos e com animais domésticos. O contrário também ocorre, sendo encontrados no interior da unidade animais domésticos, principalmente cães e gatos, que impactam significativamente sobre a fauna local e o equilíbrio ecológico da floresta. Essa interação pode trazer como consequência o fluxo de doenças de ciclo silvestre para o meio antrópico e vice-versa. A FJPO realiza campanhas de conscientização da população residente no entorno da UC quanto a como proceder em caso de encontro com animais silvestres, quais espécies são mais comumente encontradas no meio urbano, as consequências negativas de alimentar os animais silvestres e a posse responsável dos animais domésticos.
No caso de encontro de animais silvestres: A FJPO não possui estrutura para recebimento e tratamento de animais que necessitem de cuidados, para isso recomendamos o contato com a Polícia Ambiental pelo telefone: 3274-6186.
